ในเดือนตุลาคม ปี พ.ศ. 2505 ได้เกิดพายุโซนร้อนแฮเรียต พัดผ่านทางตอนใต้ของประเทศไทย ยังความเสียหายให้เกิดแก่จังหวัดต่างๆ ทางภาคใต้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่แหลมตะลุมพุก อำเภอปากพนัง จังหวัดนครศรีธรรมราช มีผู้ประสบวาตภัยเป็นจำนวนมาก บ้านเรือน สวนยางพารา ไร่นาพังเสียหายหมดสิ้น นับเป็นวาตภัยครั้งแรกที่ร้ายแรงที่สุดที่เกิดขึ้นในประเทศไทย รัฐบาลได้ระดมความช่วยเหลือสงเคราะห์ผู้ประสบวาตภัยอย่างเร่งด่วน และกรมประชาสงเคราะห์ ได้อพยพราษฎรที่ประสบภัยที่สมัครเข้ามาอยู่ในนิคมสร้างตนเองธารโต จำนวนประมาณ 40 ครอบครัว ตั้งแต่ปี 2508 เป็นต้นมา

      นิคม ฯ ได้จัดสรรที่ดินทำกินและที่อยู่อาศัยให้กับครอบครัวผู้อพยพ ครอบครัวละ 18 ไร่ วางผังสำหรับสร้างสิ่งสาธารณูปโภคและสิ่งสาธารณูปการ เช่น ถนน วัด โรงเรียน สถานีอนามัย และให้จับสลากเข้าอยู่ประจำทำกินในที่ดินในแปลงที่ดิน ตั้งแต่ กม.8 – 10 ถนนสายประชาสงเคราะห์ 3 จำนวน 29 ครอบครัว และให้กู้เงินสำหรับค่ายังชีพและประกอบอาชีพ ครอบครัวละ 10,000 บาท (เงินหนึ่งหมื่นบาทถ้วน) โดยแจ้งให้ ผู้อพยพเบิกเป็นค่าเบี้ยเลี้ยง ค่าเครื่องอุปโภคบริโภค ค่าเครื่องครัว ค่าเครื่องมือประกอบอาชีพ ค่าวัสดุก่อสร้างบ้าน ค่าพันธุ์พืช พันธ์สัตว์ ซึ่งเงินจำนวนดังกล่าวไม่เพียงพอประกอบอาชีพ ในปี พ.ศ. 2517 นิคมฯ ได้ให้เงินกู้เพิ่มเติมอีกครอบครัวละ 20,000 บาท(เงินสองหมื่นบาทถ้วน) เพื่อปรับปรุงการทำสวนยางพารา โดยจ่ายเป็นค่าโค่นถางป่า ขุดขั้นบันได ขุดหลุมปลูกยางพารา ปลูกพืชคลุมดิน พันธุ์ยางพารา ค่าปุ๋ยและยาปราบศัตรูพืช ค่าบำรุงรักษาประจำเดือน ซึ่งสมาชิกกลุ่มดังกล่าวได้ร่วมมือกันพัฒนาพื้นที่ และส่วนใหญ่กลายเป็นกลุ่มผู้นำท้องถิ่นในปัจจุบัน

      ต่อมามีการชักชวนญาติพี่น้องอพยพเข้ามาบุกเบิกทำกินมากขึ้น ซึ่งส่วนใหญ่ชาวบ้านในตำบลจะเป็นประชากรที่อพยพมาจากจังหวัดนครศรีธรรมราชและจังหวัดปัตตานี ประชากรก็เพิ่มมากขึ้นเป็นลำดับ จากเดิม มีการจัดตั้งหมู่บ้าน 2 หมู่บ้าน คือ หมู่ที่ 2 บ้านผ่านศึก และหมู่ที่ 3 บ้านศรีนคร ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของตำบลธารโต อำเภอธารโต จังหวัดยะลา ต่อมาเมื่อประชากรมากขึ้น จึงได้แยกหมู่บ้าน โดยแยกหมู่ที่ 1 บ้านพิกุลทอง และหมู่ 7 บ้านปากูหะยี มาจากหมู่บ้านผ่านศึก แยกจาก หมู่ที่ 4 บ้านไทยพัฒนา และหมู่ที่ 6 บ้านนครธรรมออกมาจากหมู่บ้านศรีนคร และแยกหมู่บ้านดินเสมอมาจากบ้านไทยพัฒนา ในปี พ.ศ. 2537 ได้แยกตำบลคีรีเขตออกมาจากตำบลธารโต และเลือกตั้งนายประสิทธิ์ แก้วนก เป็นกำนันคนแรกของตำบล และมีการจัดตั้งสภาตำบลเมื่อพ.ศ. 2538 โดยให้กำนัน ผู้ใหญ่บ้าน และแพทย์ประจำตำบลบริหารงานปกครองและร่วมกันพัฒนาท้องถิ่นและได้ยกฐานะเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลคีรีเขตตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเรื่องการจัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบล เมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ 2540 โดยมีหมู่บ้านในความรับผิดชอบ จำนวน 7 หมู่บ้าน โดยใช้ที่ทำการหมู่บ้านหมู่ที่ 6 บ้านนครธรรม เป็นสำนักงาน อบต. ชั่วคราว

       จนกระทั่ง ในปี 2549 ซึ่ง นายประทีป ทองคำ ดำรงตำแหน่งนายกองค์การบริหารส่วนตำบลคีรีเขต ได้มีงบประมาณในการจัดสร้างสำนักงาน และได้รับการอุทิศที่ดินในการก่อสร้างจาก คุณแม่มาลี ยิ่งชนม์เจริญ จึงมีที่ทำการ อบต. หลังใหม่ ตั้งอยู่ ณ หมู่ที่ 3 บ้านศรีนคร และได้ทำพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 10 มีนาคม 2549 โดยได้รับเกียรติจากรองผู้ว่าราชการจังหวัดยะลา มาเป็นประธานในพิธีเปิด และได้ใช้เป็นสถานที่ทำงานและให้บริการประชาชนจนถึงปัจจุบัน